A szakrális zene legmeghatározóbb hangszere az orgona, ennek megfelelően az Ars Sacra fesztivál ideje alatt is gyakran hallhatunk orgonazenét. Elsőként a különös hangulatú „Nyitott templomok éjszakája" program keretében csendülnek fel a máriagyűdi templom orgonájának hangjai szeptember 17-én, a 21.00 órakor kezdődő gyertyás rózsafüzér körmenetet követően.
Szeptember 19-én 19.00 órai kezdettel a Pécsi Székesegyházba varázsolnak francia hangulatot az orgona sípjai. Szeptember 21-én ugyanitt 19.00 órától Szamosi Szabolcs orgonakoncertje hallható, melyen Ókovács Szilveszter, a Magyar Állami Operaház igazgatója is közreműködik énekesként. A fesztivál keretein belül utolsó alkalommal pedig fiatal művészetek szólaltatják meg a Székesegyház hangszerét szeptember 22-én 19.00 órától.
