Balatoni Sándor eleinte Szamosi Szabolcsnál, majd Koloss Istvánnál, Király Csabánál és Baróti Istvánnál tanult orgonálni. Tanulmányait a budapesti Egyházzenei Intézetben, a Pécsi Tudományegyetemen és az Eastman School of Music egyetemen végezte. A Pius templom orgonistája és karnagya, a Pécsi Tudományegyetem tanársegédje, az Eck Imre Alapfokú Művészeti Iskola tanára, a Pannon Filharmonikusok orgonistája, a Mecsek Kórus karnagya. Köztársasági ösztöndíja, Junior Prima díja, és Fulbright ösztöndíja mellett számos elismerés és kitüntetés birtokosa.

A Pius Kórust 1978-ban alapította Dobos László a templom szertartásainak szolgálatára, jelenleg dr. Balatoni Sándor vezeti az együttest. Olaszországtól Kárpátaljáig számos országban megfordultak, több országos minősítésen nyertek „Kiemelt arany” illetve „Arany” fokozatot.

A Mecsek Kórust dr. Hegyi József alapította 1957-ben. Tillai Aurél, Nagy Ernő, majd Kertész Attila után dr. Balatoni Sándor vette át a stafétát. Számos nemzetközi 1. díja mellett az együttes elnyerte a KÓTA díjat is.